دکتر هاشمی با رای قاطع نمایندگان مجلس، وزیر بهداشت دولت دوازدهم شد .کسب 253 رای از مجموع 288 رای نمایندگان و رتبه دوم در بین آراء وزرای پیشنهادی

دکتر سید حسن هاشمی با کسب 253 رأی از مجموع 288 رأی اخذ شده از نمایندگان حاضر در صحن علنی مجلس شورای اسلامی ، رأی اعتماد قاطع مجلس شورای اسلامی را برای تصدی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی دولت دوازدهم  کسب کرد.
 دکتر هاشمی مهم ترین برنامه خود در دولت دوازدهم  را تداوم و ارتقای طرح تحول سلامت در قالب برنامه ششم توسعه اعلام کرد و ماموریت اصلی وزارت بهداشت در دولت دوازدهم را  توجه به " پیشگیری"  از طریق استقرار نظام ارجاع، پزشک خانواده و پرونده الکترونیک سلامت عنوان کرده است.
اجرای طرح تحول سلامت و کاهش هزینه های سلامت از جیب مردم، کاهش 400 میلیون دلاری واردات دارو،  ایجاد 24 هزار تخت جدید بیمارستانی، راه اندازی 33 پایگاه اورژانس هوایی، ساخت 6 هزار مرکز بهداشتی و نوسازی، تجهیز و بازسازی  18هزار خانه بهداشت، بخشی از برنامه های موفق اجرا شده دکتر هاشمی در دولت یازدهم بوده است.