بر اساس دستور رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت آیت‌ا... خامنه‌ای مدظله‌ العالی مبنی بر تجدید نظر در اساسنامة شورای نمایندگان و دفاتر آنها در دانشگاهها (موضوع مصوبة شمارة 1368/ دش مورخ 28/6/69 شورای عالی انقلاب فرهنگی و اصلاحیه‌های آن) و ایجاد سازمان جدیدی برای تحقق اهداف مورد نظر معظم له “نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها” با این اهداف، وظائف و سازمان تشکیل می‌شود:

ماده 1 ـ نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها که در این اساسنامه اختصاراً نهاد نمایندگی نامیده می‌شود نهادی است که زیر نظر معظم‌ له در کلیة دانشگاهها و مراکز آموزش عالی به انجام وظائف مصرح در اساسنامه می‌پردازد.

ماده 2 ـ اهداف:

1 ـ توسعه و تعمیق آگاهیها و علائق اسلامی دانشجویان و دانشگاهیان و تبیین ارزشهای اسلامی.

2 ـ ایجاد و گسترش فضای معنوی و اسلامی در دانشگاهها و رشد فضائل اخلاقی در دانشگاهیان.

3 ـ رشد بینش سیاسی در محیط دانشگاه.

4 ـ حمایت و هدایت فکری تشکلهای دانشجوئی و دانشگاهی.

5 ـ حاکمیت بخشیدن به ارزشهای اسلامی و انقلابی در سطوح اجرائی و علمی.

6 ـ مقابله با ترویج عقائد و افکار انحرافی و هجوم فرهنگی و تقویت روح خود باوری و استقلال فکری.

7 ـ تقویت پیوند حوزه و دانشگاه.

ماده 3 ـ وظائف:

1 ـ تبیین مسائل سیاسی، اجتماعی و فرهنگی از طریق برگزاری جلسات، سخنرانی و بحث و مناظره، نشر مقالات و جزوات و مانند آن.

2 ـ انجام دادن مسئولیتهای روحانیت در محیط دانشگاه مانند اقامة جماعت و برپائی مجالس و محافل مذهبی و اهتمام به تعظیم شعائر اسلامی و مراسم دینی.

3 ـ اجرای برنامه‌های آموزشی، پژوهشی و تربیتی در زمینة علوم و معارف اسلامی از قبیل برگزاری گردهمائیها و نشستهای تخصصی، جلسات پاسخ به سئوالات، نشر مقالات و جزوات و فعالیتهای فوق برنامه و مانند آن.

4 ـ حضور فعال در میان دانشجویان و دانشگاهیان به منظور راهنمائی و ارشاد فکری و اخلاقی و پاسخگوئی به مسائل شرعی.

5 ـ هدایت تشکلها و نهادها و حرکتهای اسلامی دانشجوئی و دانشگاهی و تقویت فعالیتهای اسلامی در دانشگاه.

6 ـ مطالعه و بررسی وضع دینی و اعتقادی و گرایشهای فرهنگی و سیاسی در محیط دانشگاه و علل ضعفها و نارسائیها برای دستیابی به راه‌حلهای مناسب.

7ـ بسط فرهنگ امر به معروف و نهی از منکر و اقامة نماز در دانشگاهها.

8 ـ همکاری با نهادها و مراکز حوزه‌ای و دانشگاهی و پشتیبانی از آنها برای تقویت پیوند حوزه و دانشگاه.

9 ـ گزینش علمی و عمومی استادان دروس معارف اسلامی و نظارت بر کیفیت ارائه آن دروس و ارزیابی عملکرد آنان.

10 ـ تائید رئیس پیشنهادی گروه معارف اسلامی قبل از معرفی به رئیس دانشگاه.

11 ـ نظارت بر رعایت موازین اسلامی و ارزشهای انقلاب در امور ادارة دانشگاهها، تتشکلها و فعالیتهای فرهنگی و سیاسی ـ اجتماعی مراکز هنری و ورزشی و خوابگاههای دانشگاهی و نیز نشریات داخلی دانشگاه.

12 ـ بررسی مقررات، آئین‌نامه‌ها و بخشنامه‌های راجع به امور فرهنگی در مراکز آموزش عالی و مؤسسات وابسته از نظر انطباق با معیارها و ارزشهای اسلامی و انقلاب اسلامی.

13 ـ حمایت از نیروهای متخصص و متعهد در دانشگاه.

14 ـ اعلام نظر کتبی دربارة خلافهای بین متون جزوات درسی و مباحث راجع به مبانی ارزشها ودیدگاههای دینی و اسلامی از طرف دفتر مرکزی نهاد، به مسئولان ذیربط، برای اصلاح.