از سال ۱۲۹۰ هجرى شمسى مدارس جديد به‌جاى مکتب‌خانه‌هاى قديم تأسيس شد. ۹ سال بعد مجلسى از اطباء ايرانى و اروپائى مقيم در تهران به نام مجلس 'حفظ‌الصحه' براى مراقبت از بهداشت عمومى به‌وجود آمد. در اواخر همان سال فردى براى پايه‌ريزى بهداشت در مدارس انتخاب شد و سرانجام در سال ۱۳۰۴ شمسى سازمانى به نام 'صحيه مدارس' بنياد گذاشته شد.

در سال ۱۳۱۴ صحيه مدارس به‌عنوان يک واحد مشخص وابسته به وزارت معرفى شد که داراى قسمت‌هاى معاينات بهداشتى چشم دانش‌آموزان و آموزش بهداشت بوده است. در سال ۱۳۱۵ صحيه مدارس به 'بهدارى آموزشگاه‌ها' تغيير نام يافت. در سال ۱۳۱۶ بهدارى آموزشگاه‌ها به دانشکده پزشکى دانشگاه تهران وابسته گرديد و در سال ۱۳۱۸، بهدارى آموزشگاه‌ها از دانشکده پزشکى جدا و به وزارت فرهنگ وقت وابسته شد.

در سال ۱۳۵۰ براى تأمين نيروى‌ انسانى مورد نياز بهدارى آموزشگاه‌ها، دفتر امور مدارس عالى و انستيتوهاى تکنولوژى به تأسيس اولين آموزشگاه عالى بهداشت مدارس در تهران اقدام نمود. تعداد اين آموزشگاه‌ها تا سال ۱۳۵۷ به ۱۷ باب در ۱۷ استان بالغ گرديد. از اين آموزشگاه‌ها تا قبل از انقلاب اسلامي، حدود ۵۰۰۰ نفر مراقب بهداشت مدارس تربيت شده و جهت انجام خدمات بهداشتى در مدارس به‌کار گمارده مى‌شدند. پس از انقلاب اسلامى با تصويب‌نامه مورخ ۲۳ اسفند ۵۷ هيئت وزيران دولت موقت جمهورى اسلامي، امور بهداشت آموزشگاه‌هاى کشور با تمام پرسنل، اعتبارات و سازمان‌ها و فعاليت‌هاى وابسته از وزارت آموزش و پرورش جدا و به وزارت بهدارى و بهزيستى وقت منتقل گرديد و از آن تاريخ، کليه تعهدات و وظايف سازمان مذکور به‌عهده وزارت بهدارى و بهزيستى محول شد.

با اين الحاق، ۱۷ مدرسه عالى بهداشت مدارس آموزش و پرورش و حدود ۵۰۰۰ مراقب بهداشت فارغ‌التحصيلان آن و تعدادى پزشک و پيراپزشک با بودجه و امکانات وسيع به وزارت بهدارى منتقل گرديدند.

پس از انتقال، ابتدا اداره‌اى به نام اداره کل بهداشت مدارس تأسيس شد، ولى در سال ۱۳۶۰ بهداشت مدارس در اداره کل بهداشت مادر و کودک وزارت بهدارى ادغام و اداره کلى به نام 'اداره کل بهداشت خانواده و مدارس' وظيفه ارائه خدمات بهداشتى به دانش‌آموزان را به‌عهده گرفت. در سال ۱۳۶۹ به‌دنبال نياز شديد مدارس به نيرو و خدمات بهداشتي، اداره کل تغذيه و هماهنگى بهداشت مدارس در آموزش و پرورش تأسيس گرديد و متعاقب آن با شروع سال تحصيلى ۷۰-۶۹، مراقبين بهداشت مدارس، پس از گذشت ده سال حضور پاره‌وقت و در واقع دورى از مدارس و دانش‌آموزان، بار ديگر براى انجام رسالتى بزرگ به آموزش و پرورش برگشته، به‌صورت ثابت و تمام‌وقت مشغول خدمت شدند.

اين مهم، طى توافق‌نامه‌اى که در تاريخ ۱۷ مرداد ۶۹ به امضاء مقام عالى وزارت آموزش و پرورش و وزير محترم بهداشت و به تائيد رياست محترم جمهورى اسلامى وقت ايران، آقاى هاشمى رفسنجانى رسيد صورت پذيرفت. اين توافق‌نامه شامل يک استراتژى هفت ماده‌اى است که ابعاد گوناگون بهداشت مدارس را در زمينه‌هاى تأمين نيروى‌انساني، انتقال مراقبين بهداشت، ارائه خدمات آموزشي، بهداشتي، درمانى و نحوه ارتباط و هماهنگى طرفين تحت پوشش قرار مى‌دهد.